Kantor Imigrasi Kelas II Pati dibentuk pada tanggal 28 September 2002 berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman dan HAM Nomor M.05-PR.07.04 Tahun 2022, dengan wilayah kerja Eks Karesidenan Pati ( kecuali Kabupaten Kudus ) yang terdiri dari 4 (empat) Kabupaten yaitu Kabupaten Pati, Kabupaten Rembang, Kabupaten Blora dan Kabupaten Jepara.

Pembentukan Kantor Imigrasi Pati merupakan penambahan jumlah Kantor Imigrasi di Lingkungan Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Jawa Tengah bersamaan dengan Kantor Imigrasi Pemalang dan Wonosobo serta 12 Kantor Imigrasi baru lainnya diseluruh Indonesia.

Soft opening Kantor Imigrasi Pati dimulai pada tanggal 23 Juni 2003, setelah memeroleh Gedung kantor dari Pemerintah  Provinsi Jawa Tengah dengan status pinjam pakai yang terletak di JL. Panglima Sudirman no. 52 Pati, tepatnya di area perkantoran Eks Karesidenan Pati yang saat ini menjadi Kantor Bakorwil I (eks Gedung Kas Negara) dengan Luas tanah 450 m2 dan luas bangunan 365 m2

Kantor Imigrasi Pati baru dapat dikatakan benar – benar telah beroperasi secara penuh setelah peresmian yang dilaksanakan pada tanggal 06 Januari 2004 oleh Direktur Jenderal Imigrasi Bapak Drs. Iman Santoso, SH. MH yang dihadiri pula oleh mantan Menteri Kehakiman RI Bapak Kuslan Reksodirjo, S.H dan unsur Muspida Kabupaten Pati.

Pada tahun 2006 kantor Imigrasi Pati memperoleh lahan seluas 7.223 m2 melalui proses pengadaan yang berlokasi di Jl. Raya Pati – Kudus KM.7 No.1 Margorejo, Pati ( Lokasi Kantor saat ini ), dan selanjutnya pada tahun 2009 – 2010 dimulainya proses perencanaan hingga Pembangunan Gedung baru dengan bangunan Gedung baru dengan bangunan seluas 1520 m2.

Di tahun 2011 tepatnya pada tanggal 24 januari 2011, pegawai kantor imigrasi Pati telah menempati Gedung baru dan beroperasi sesuai surat pemberitahuan Kepala Kantor Imigrasi Nomor W9.FF.UM.01.01-0127 tanggal 18 januari 2011. Kemudian dilanjutkan dengan penyelesaian Pembangunan Gedung lantai 2 pada tahun 2012, Pos Satpam, Gudang, ruang detensi, ruang genset, toilet umum, musholla hingga Pembangunan Gedung layanan paspor pada tahun 2016.

Melalui Keputusan Menteri Hukum dan HAM nomor M.HH-06.OT.01.03 Tahun 2020 tanggal 23 Oktober 2020 tentang Peningkatan Kelas Kantor Imigrasi. Kantor Imigrasi Pati ditingkatkan statusnya menjadi Kantor Imigrasi Kelas I Non TPI Pati Nomen Klatur Non TPI sendiri memiliki arti bahwa Kantor Imigrasi Pati tidak memiliki Pemeriksaan Imigrasi.